Misa jeziorna powstała wskutek stopienia się ok. 80 m grubości kry martwego lodu pozostawionej przez cofający się lodowca. W czasie prac badawczych w 1998 r. odkryto na dnie jeziora warstwę torfu wskazującą, że jeszcze ok. 300 lat temu na miejscu obecnego Szczyrbskiego Jeziora istniały trzy mniejsze zbiorniki wodne. Lustro wodne największego z nich (Veľké jazero) znajdowało się w pn-zach. części, 6 m poniżej współczesnego poziomu wody. Dwa pozostałe (Južné jazero i Východné jazero) położone były na miejscu odpowiednio południowej i wschodniej zatoki. Ich powierzchnia znajdowała się 1,5-2 m wyżej i była prawdopodobnie w całości zarośnięta roślinnością torfowiskową (podobnie jak obecnie Ślepy Stawek). Nagłe podniesienie się poziomu wody prowadzące do powstania Szczyrbskiego Jeziora tłumaczone jest uszczelnieniem moreny w okolicy Wielkiego Jeziora spowodowanym przez trzęsienie ziemi. Możliwe jest, że zdarzenie to opisują źródła historyczne - lewocki kronikarz Gaapar Hain wspomina o powstaniu nowego, dużego jeziora po trzęsieniu ziemi w Tatrach 6 sierpnia 1662 r.