W jednonawowym wnętrzu zachwyca bogate wyposażenie, barokowe zdobienia ścian i filarów oraz przepiękne malowidła sufitowe. Na kolebkowych sklepieniach widnieją gloryfikacje imienia Jezus w nawie, Jahwe w prezbiterium oraz koncert anielski nad chórem muzycznym. Po obu stronach nawy mieszczą się kaplice połączone z nią arkadami i przykryte arkadowymi przejściami ze zdobionymi balustradami. Dopiero we wnętrzu można docenić bogactwo form - cały szereg kaplic bocznych, kolumny i kolebkowe sklepienia, które z zewnątrz zamaskowano prostymi elewacjami prostokątnego budynku. Najważniejszym elementem wystroju jest otoczony figurami Loyoli i Ksawerego, widoczny z daleka obraz ołtarza głównego. Malowidło - stworzone w 1725 r. przez Tauscha - przedstawia obrzezanie Chrystusa. Putto u stóp Loyoli trzyma otwartą księgę z wypisaną jezuicką maksymą Ad Maiorem Dei Gloriam (Na większą chwałę Boga), a św. Ksawery błogosławi Jezusa krzyżem. Na lewo od ołtarza uwagę zwraca marmurowa pieta - unikatowa kopia słynnej rzeźby Michała Anioła.